Dotnuvoje pirmoji medinė bažnyčia arba koplyčia pastatyta iki 1636 m. Kitą, medinę bažnyčią, 1699 - 1701 m. pastatė Mlečkai - Vladislovas Bžostovskis ir jo žmona Konstancija Mlečkaitė (Žemaičių seniūno duktė).
Šv. Jono Krikštytojo vardu vadinta iki 1753 m., tais metais pakeistas titulas (priežastys nežinomos) – Viešpaties Apreiškimo Švč. Mergelei Marijai bažnyčia.
Vienuoliai 1768 m. pastatė mūrinį vienuolyną. 1773-1810 m. mūrinę bažnyčią; statybos pradžios data – 1773 – iškalta akmenyje, esančiame vakariniame frontone, virš pagrindinių durų. Bažnyčios architektūrai būdingi vėlyvojo baroko ir ankstyvojo klasicizmo bruožai. Iš senosios bažnyčios perkelti 5 altoriai. XVIII a. antrojoje pusėje įsteigta parapinė mokykla. Nuo 1796 m. prie vienuolyno veikė triklasė mokykla, vėliau išaugusi į šešiaklasę. 1806 m. veikė teologijos studijos.
XIX a. viduryje ar antroje pusėje grafas Antanas Chrapovickis ar jo sūnus Adomas turėję finansuoti naujus bažnyčios mūrinius altorius, iš esmės buvo rekonstruotas centrinis altorius, keičiamas bažnyčios interjeras.
Bernardinų vienuoliai Dotnuvoje šeimininkavo 1701-1864 m., vienuolyną planuota atkurti 1908 m. Bažnyčia apdegė 1911 m. Šv. Pranciškaus mažesniųjų brolių kapucinų ordino (OFM Cap.) vienuolynas veikė 1990-2002 m.
1990 m. Dotnuvoje įsikūrė veiklą Lietuvoje atnaujinęs kapucinų ordinas ir šis konventas tapo kapucinų Lietuvos Lurdo Švč. Mergelės Marijos viceprovincijos centru. Nuo 1991 m. čia veikia kapucinų noviciatas.
Tėvo Stanislovo Dobrovolskio OFM Cap. rūpesčiu erdvūs vienuolyno pastatai vėl prisipildo gyvybės koridorius puošia daugybė išsaugotų nuo sunykimo žvakidžių, skulptūrėlės, paveikslai, kukliai įrengtos celės laukia užklystančio keleivio ar maldininko, keliuose didesniuose kambariuose iki lubų kyla knygų pilnos lentynos, dar keliose salėse saugoma įspūdinga liturginių rūbų kolekcija. Mažiausiai laiko pakeista išliko baroko ir ankstyvojo klasicizmo bruožus jungianti bažnyčia (vėlesnių rekonstrukcijų metu pakeista tik Didžiojo altoriaus vieta - jis atitrauktas arčiau galinės presbiterijos sienos, panaikinant vienuolių chorą). Šviesią jos erdvę užpildo prie piliorių priglausti klasicistinių formų altoriai. Išlikę autentiški jų paveikslai atspindi pranciškonišką ikonografiją: šv. Pranciškus gaunantis stigmas, šv. Pranciškaus ekstazė, šv. Pranciškus gauna Porciunkulės atlaidus, Šventoji šeima, Švč. Mergelė Marija su kūdikiu. Iš dviejų išlikusių šv. Antano paveikslų vienas greičiausiai yra tas pats, kurį XVIII a. pradžioje iš Vilniaus atsivežė bernardinai. Didžiajame altoriuje abipus titulinio Viešpaties Apreiškimo Švč. Mergelei Marijai paveikslo stovi didžiųjų pranciškonų šventųjų skulptūros, o už šio altoriaus pakabinta medinė Nukryžiuotojo skulptūra, matyt, išlikusi dar iš pirmosios bernardinų bažnyčios.