Charly est un des trois villages de la commune d’Andilly, les autres étant Jussy et Saint-Symphorien. Son église est située sur le chemin menant de Genève à Saint-Jacques de Compostelle, représenté sur un vitrail. De style gothique tardif, elle est due à Jacques Fusier, natif de ce village, vicaire général du diocèse de Genève, qui finance sa construction en 1454 après une épidémie de peste. Elle est d’ailleurs dédiée à Saint-Sébastien, censé protéger de cette maladie. Notons que le blason des Fusier visible sur le bâtiment est devenu celui de la commune, symbolisant l’union entre ses trois villages. En 1787, suite à un incendie, l’église est surmontée d’un clocher à bulbe et l’ensemble est aujourd’hui classé monument historique.