Varaseimad teated keskajast pärinevast Palivere mõisast (saksa k Pallifer) pärinevad 1493. aastast. Erinevatel aegadel nii von Bergide, von Luederite kui ka Pilar von Pilchaude omanduses olnud mõisa omandas 1909 Woldemar von Hunnius, kelle kätte see jäi kuni 1919. aasta mõisate võõrandamiseni.
1845. aastal mõisa püstitatud kivist peahoone oli algselt ühekorruseline, kahekorruseline oli vaid ta keskosa. Peale võõrandamist tegutses mõisas lastekodu, alates 1960. aastast aga eriinternaatkool. Tollal ehitati mõisahoone ka täies mahus kahekorruseliseks.
Pikka aega asus mõisahoones Palivere Laste- ja Noortekodu.