Die Kirche liegt im nördlichsten Stadtteil der Stadt Jena auf einer Anhöhe gegenüber dem Heiligen Berg am Westrand der Saaleaue. Die ältesten Bestandteile der Kirche stammen aus der Zeit um 1100. Der Bau eines ersten Gotteshauses wird auf das Wirken der Missionsorden unter den Wein- und Ackerbauern sowie Handwerkern zurückgeführt. Nachdem der wirtschaftliche und politische Einfluss des Deutschritterordens auf das kirchliche Leben zurückging, wuchs der Einfluss des Gutes. Die Dorfkirche St. Marien war zunächst eine romanische Saalkirche mit einem querrechteckigen Chor und einer halbrunden Apsis für die Ordensbrüder. Ihre ältesten Bestandteile stammen aus dem 12. Jahrhundert. Zur Ausstattung des schlichten Kirchenschiffs gehören das Romanische Hauptportal mit Schachbrettfries und eisenbeschlagener Eichentür, der auferstandene Christus als Holzskulptur (um 1300), der dreiflüglige Schnitzaltar (1507) sowie Kanzelaltar und Patronatsloge (1. Viertel des 18. Jahrhunderts).
Vor 1221: Niederlassung des Deutschen Ordens in Zwätzen.
1248 – 1809: Nachweislich Sitz des Landeskomturs der Ballei Thüringen.
Ende des 15. Jahrhunderts: Erweiterung der romanischen Saalkirche durch den Bau des Chores und einer Seitenkapelle.
1513 – 1597: Bau des Turmes.
2. Hälfte des 17. Jahrhunderts: Aufstockung des Kirchenschiffs, durchgehende Einwölbung, Einbau der Empore.
1985 bis 1993: Restaurierungsarbeiten.
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