Vierzehnheiligen wurde erstmals 1334 erwähnt. Der Ort ging aus der Siedlung Lützendorf hervor, die 1450 zerstört wurde. Im 15. bis 17. Jahrhundert nannte sich der Ort „Zu den 14 Nothelfern bei Ihene (Jena)“. Mit der Teilung der wettinischen Länder 1485 gelangte Vierzehnheiligen an die Albertiner, 1547 an die Ernestiner. Damit war Vierzehnheiligen eine Exklave des Amtes Camburg. 1775 wütete ein Großbrand im Dorf, dem 25 Häuser, die Schule und der hohe Kirchturm zum Opfer fielen. Zwischen 1826 und 1920 gehörte der Ort zum Herzogtum Sachsen-Meiningen, während alle umliegenden Dörfer unter der Herrschaft Sachsen-Weimars lagen. Das Dorf bildete ab dem 1. April 1969 zusammen mit Krippendorf eine eigene Gemeinde, bis beide Orte am 1. Juli 1994 nach Jena eingemeindet wurden.
1453 – 1464: Bau als Wallfahrtkirche „Zu den vierzehn Nothelfern“, gestiftet durch Herzog Wilhelm III als Sühne für das im Sächsischen Bruderkrieg (1446 – 1451) begangene Unrecht. Der Bau enthielt 14 Altäre, 14 Pfeiler und viele Gemälde und Inschriften.
1467: Fertigstellung des Wehrturmes.
1801: Abbruch des Chores, Schließen des Triumphbogens.
1806: Nutzung als Lazarett nach der Entscheidungsschlacht gegen die Truppen Napoleons am 14.10.1806.
1906: Umfangreiche Reparaturen, Neuausstattung.
1996: Beginn mehrjähriger Sanierungsarbeiten für kirchliche und kulturelle Nutzung.
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