Der eigentliche Name der Saalkirche lautet „Unserer Lieben Frau“. Sie wurde zu Ehren Marias erbaut. Am 22. Februar 1790 heirateten in dieser Kirche Friedrich Schiller und Charlotte von Lengefeld. Im Volksmund bürgerte sich deshalb der Name „Schillerkirche“ ein. Das Innere des Kirchenraums ist schlicht gehalten. Im Langhaus befindet sich eine zweistöckige Empore (z.T. noch aus dem 18. Jahrhundert). Die Orgel wurde von der „Orgelbaufirma Rudolf Böhm" (Gotha) erbaut und 1997 nach umfangreicher Renovierung neu geweiht. Im Chorraum befinden sich ein spätgotischer Sakramentschrein (Chornordwand) und eine Gedenktafel zur Erinnerung an die Hochzeit Friedrich Schillers.
1307: Ersterwähnung eines Pfarrers in „Klein – Jena“.
1382: Weitere urkundliche Erwähnung der Kirche mit dem Namen „Unserer Lieben Frau“.
Ende des 14. Jahrhunderts; Baubeginn der Kirche „Unserer Lieben Frau“ von Wenigenjena an der Stelle eines Vorgängerbaus, Errichtung des hochgotischen Chors mit schlanken Fenstern, zierlichem Maßwerk, Fischblasenmuster und Kleeblattbögen.
Ende des 15. Jahrhunderts: Fertigstellung von „Schöner Pforte“ (Südportal), Sakramentschrein im Chor und säulengestützter Holzdecke des Chorraumes.
Um 1500: die Kirche wird notdürftig "unter Dach" gebracht, Turm und hinteres Langschiff werden nicht ausgeführt, es entsteht das heutige Konglomerat, das der Kirche ihren besonderen Reiz gibt.
1. Hälfte des 16. Jahrhunderts: Vorläufiges Ende der Bautätigkeit.
1527: Erste Visitation im Kirchengebiet unter Leitung von Philipp Melanchton.
1733: Einbau der ersten Orgel nach einer Spendenaktion.
1806: Der Pfarrer der Schillerkirche Putsche wird gezwungen, die Truppen Napoleons über Nacht durch das Rautal zum Cospedaer Schlachtfeld zu führen (Schlacht bei Jena und Auerstedt).
1902: Die provisorische Holzdecke des Chorraumes wird durch ein Kreuzgewölbe ersetzt.
1909 Die Kirchgemeinde Wenigenjena unter Pfarrer Ackermann möchte die Kirche in „Schillerkirche“ umbenennen, dies wird, auch in späteren Anträgen, behördlich abgelehnt.
1963: Im Chorraum werden Emporen und Kanzel entfernt, die Kirche erhält ihr heutiges Aussehen.
1973: Einbau einer neuen Orgel (Firma Böhm aus Gotha).
1977: Infolge von Schwammschäden stürzt die Decke des Langhauses ein, die Orgel wird ausgebaut und das Langschiff gesperrt, Gottesdienste werden in den Sommermonaten im Chorraum gehalten.
1997: Langschiff und Orgel werden zum Reformationsfest neu eingeweiht.
2003: Der Chorraum wird restauriert und im Ostergottesdienst eingeweiht.
2007 Die Gemeinde feiert das 700jährige Bestehen ihrer Schillerkirche „Unserer Lieben Frau“.
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