Lützeroda wurde erstmals 1236 als „Lucenroda“ erwähnt. Um diese Zeit soll die Kirche sich bereits auf dem Gottesacker befunden haben. Im 15. Jahrhundert verfügten Jenaer Mönche umfangreiche Besitzungen im Dorf. Ab 1816 gehörte das Dorf zum Großherzogtum Sachsen-Weimar-Eisenach und wurde von Apolda verwaltet. Am 1. Mai 1922 wurde Lützeroda eine Ortschaft im neu gebildeten Land Thüringen. Der Ort gehörte von 1922 bis 1952 zum Landkreis Stadtroda, danach zum Kreis Jena-Land und von 1990 bis 1994 zum Saale-Holzland-Kreis. 1994 erfolgte die Eingemeindung zur Stadt Jena.
Die evangelische Filialkirche St. Nikolaus ist eine romanische Saalkirche mit einem schwach eingezogenen Chor. An der Südseite ist noch romanisches Mauerwerk erkennbar. Über dem Chor erhebt sich der Turm, auf einem viereckigen Turmaufsatz aus Holz von einer kleineren Schweifkuppel mit Laterne bekrönt. An der Ostseite des Chores sind drei Steine mit einfachen Reliefdarstellungen erkennbar, das Relief mit einer flachen Hand, erhoben zur Abwehr, ein Schriftzeichen und ein Kopf. Eine genaue Datierung dieser Darstellungen ist nicht zuverlässig möglich. An der Südseite ist ein – zugemauertes ‑ älteres Rundbogenfenster sichtbar, die anderen, hochrechteckigen Fenster, entstammen der Zeit des Umbaus. Das Chorquadrat wird im Inneren von einem Tonnengewölbe abgeschlossen. Aus gotischer Zeit ist der Sakramentenschrein in der Nordwand des Chores erhalten. Der Chor öffnet sich zum Langhaus mit einem romanischen Triumphbogen. An dessen Südseite befindet sich ein Kanzelkorb mit Eckpilastern aus dem Jahr 1689. An den Wänden ist eine dreiseitige, zweigeschossige Empore entlang geführt, das Kirchenschiff trägt ein Tonnengewölbe aus Holz. Die Kirche wurde mehrfach, zuletzt 1985/86, umgebaut bzw. instand gesetzt. Zur Ausstattung gehören ein Taufstein aus dem Jahr 1590 und die Orgel aus dem 19. Jahrhundert.
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