Eine erste Siedlung ist wahrscheinlich in der Zeit des Frankenreiches entstanden. Darauf weist die Namensendung „dorf“ hin. Der Ortsname bedeutet so viel wie Einzelhof eines „Crepen“. Krippendorf wurde erstmals 1181 in einer Urkunde erwähnt, in der Kaiser Friedrich I. eine Schenkung bestätigt. Unter den Gütern wird Krippendorf genannt. Die älteste Überlieferung von Hofbesitzern stammt aus der Zeit von 1421−1425. Der Ort gehörte zu dem im 14. Jahrhundert gegründeten ernestinischen Amt Dornburg, welches aufgrund mehrerer Teilungen zu verschiedenen Ernestinischen Herzogtümern gehörte. Ab 1815 war der Ort Teil des Großherzogtums Sachsen-Weimar-Eisenach, welches ihn 1850 dem Verwaltungsbezirk Weimar II (Verwaltungsbezirk Apolda) angliederte. Krippendorf bildete seit 1969 zusammen mit Vierzehnheiligen eine eigene Gemeinde, bis beide Orte 1994 nach Jena eingemeindet wurden.
Das Baujahr des Gotteshauses ist nicht belegt. Die Kirche ist aber ein romanischer Bau. In gotischer Zeit wurde der Chor umgestaltet, er erhielt seinen polygonalen Abschluss. Eine Nebenapsis vom romanischen Chor blieb jedoch am östlichen Ende des Kirchenschiffes erhalten. Deren Bestand lässt daher vermuten, dass das ursprüngliche Gotteshauses kleiner war und dreiapsidial endete, dergestalt, eine Hauptapsis flankiert von zwei kleineren Nebenapsiden. Der Formensprache der Gotik folgend, zeigen sich auch die Fenster im Chor, deren Maßwerk in Kleeblattbögen und einem Vierpass gearbeitet sind. Während dieser Baumaßnahmen wurde auch das Kirchenschiff neu errichtet. Dabei gingen die Lanzettfenster mit ihren Maßwerken verloren. Die heutigen Fenster, wie auch das Mansarddach, sind das Ergebnis von Umbauarbeiten aus den Jahren 1734 und 1844. Auch das Innere der Kirche erfuhr eine Neugestaltung, das Schiff erhielt eine dreiseitige, zweigeschossige Empore, die Deckenkonstruktion - über der Empore aus abgeschrägten und geraden Stücken mit Bemalung und in der Mitte als eine flache Holztonne ausgeführt - stammt aus dem Jahr 1734. Nachdem das Gewölbe im Chor 1825 einstürzte, zog man ein Kreuzgratgewölbe ein, welches auf den gotischen Kopfkonsolen lastet. Sichtbar sind noch fragmentarisch Reste einer Rankenmalerei, um 1500 ausgeführt. Zur Ausstattung gehören der Taufstein aus dem Jahr 1630 und die um 1800 eingebaute Orgel.
Um 1300: Anbau von Chor und Langhaus an einen romanischen Turm, Einwölbung des Chores mit Kreuzgratgewölbe auf Kopfkonsolen.
Um 1500: Einwölbung des Langhauses mit Tonnengewölbe.
Um 1626, 1735 und 1844: Umfangreiche Sanierungen, Umbauten und Renovierungen.
1825: Einsturz des Gewölbes unter dem Turm, Einbau einer Flachdecke.
1995: Sanierung, Farbgestaltung und Ausmalung aus Mittelalter und Barock teils restauriert, teils als Analogiefassung.
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